Um professor universitário lê um documento proibido e é possuído por dois demônios, o do trovão e o da luz. Agora, os demônios querem invadir o mundo humano e despertar seus irmãos, os dragões. Hellboy e seus companheiros viajam para o Japão para investigar o caso. Ao chegar lá, o herói encontra a espada das tempestades que o fará conhecer e viajar bem de perto pela mitologia japonesa.
